До Смуты в этой местности числился «погост Воздвиженский на государеве цареве земле на речке Вейне с церковью Воздвижения Креста Господня и приделом святителя Николая», в 1626 г. — «место церковное, пашни лесом поросли». Около погоста уже тогда существовало сельцо Бородино.
В 1697—1701 гг. селом владел окольничий Тимофей Савелов (брат будущего Патриарха Иоакима). В 1698 г. он построил церковь в честь Рождества Христова, которую освятили в 1701 г.
В 1798 г. село Бородино купил отставной бригадир В.Д.Давыдов, соратник Суворова. Здесь прошло детство героя войны 1812 г. Дениса Давыдова.
После изгнания французов восстановление храма начала М.М.Тучкова. Ее муж пал смертью храбрых на Бородинском поле. В церкви в честь Смоленской иконы Божией Матери ее усердием был устроен нижний храм во имя преподобного Сергия Радонежского.
С 1830 г. село стало собственностью императорской фамилии.
В верхнем храме села был иконостас из Алексеевского монастыря в Москве, перенесенного на новое место при строительстве Храма Христа Спасителя. В нижнюю Сергиевскую церковь иконостас пожаловал император Александр II. В церкви хранилась древняя Смоленская икона Божией Матери, сопутствовавшая во всех сражениях князю П.И.Багратиону.
Накануне столетнего юбилея Бородинского сражения церковь отремонтировали, художник А.П.Хатулев расписал ее священными изображениям и и орнаментом с позолотой в древнем стиле. 26 августа 1912 г. Одигитриевский храм в Бородино посетил государь-страстотерпец Николай II.
Храм закрыли в 1930 г. Поле пришло в запустение, в 1932 г. взорвали главный памятник и склеп с прахом князя Багратиона.
Осенью 1941 г. на колокольне храма устроили пулеметное «гнездо».
После войны и в начале 1950-х гг. из стен верхнего храма добывался кирпич, колокольня была уничтожена полностью. Тогда же полуразрушенный храм стал предметом заботы сотрудников Бородинского военно-исторического музея. Его поддержали многие деятели науки и культуры.
К 150-летней годовщине сражения здание храма восстановили. В 1989 г. прошло первое богослужение в нижнем Сергиевском храме. По инициативе музея-заповедника церковь была передана Московской епархии. В 1995 г. началось служение и в верхнем храме в честь Смоленской иконы Божией Матери. В 1999 г. развернулись активные ремонтно-реставрационные работы на средства благотворителей.

1. Смоленской иконы Божией Матери
2. Прп. Сергия Радонежского